Résumé

L’agriculture biologique sous serre, en pleine expansion au Québec, répond à la demande croissante pour des produits frais, locaux et cultivés de manière respectueuse de l’environnement. Cependant, malgré ses avantages environnementaux, ce mode de production repose sur l’utilisation d’intrants diversifiés, d’origine animale ou végétale, ce qui soulève des préoccupations quant aux risques de contamination chimique et biologique. Parmi les contaminants d’intérêt, on retrouve des métaux lourds ainsi que des agents pathogènes d’origine entérique, tels que Salmonella sp., Listeria monocytogenes et Escherichia coli O157:H7, souvent associés aux engrais organiques et constituant des enjeux sanitaires majeurs. Ces risques sont amplifiés par plusieurs facteurs, notamment l’origine des intrants (animal ou végétal), les conditions stables des environnements contrôlés et les pratiques culturales spécifiques. Pour y faire face, des normes rigoureuses encadrent l’utilisation des intrants. Par exemple, au Canada, les composts doivent contenir moins de 1000 nombres les plus probables (NPP) de coliformes totaux par gramme de solides totaux (base sèche), et moins de 3 NPP de Salmonella sp. par 4 grammes de solides totaux. 
Dans ce contexte, cette étude vise à évaluer les risques potentiels de contamination associés à l’utilisation d’intrants biologiques en serre et à certaines pratiques culturales, afin d’améliorer la sécurité alimentaire des produits issus de l’agriculture biologique. Pour ce faire, 15 intrants seront sélectionnés, avec deux lots différents, totalisant 60 échantillons. Des analyses microbiologiques seront réalisées pour quantifier ou détecter des agents pathogènes tels que Salmonella sp., L. monocytogenes, E. coli générique, Big Six, E. coli O157:H7, ainsi que des gènes de résistance aux antimicrobiens. Une analyse des métaux lourds sera également effectuée pour évaluer la contamination chimique. Par ailleurs, afin d’identifier les intrants favorisant la croissance des agents pathogènes, un phénotypage détaillé sera réalisé en utilisant des approches telles que les microarrays pour déterminer leur capacité à promouvoir la prolifération bactérienne ou la production de toxines. En complément, un total de 150 échantillons, incluant des légumes récoltés, des fertilisants, des milieux de culture et de l’eau d’irrigation, sera prélevé dans des serres biologiques à trois moments clés : début, milieu et fin de la culture. Ces échantillons feront l’objet d’analyses microbiologiques en laboratoire. En cas de détection d’agents pathogènes, une caractérisation phénotypique et génotypique sera effectuée. 
Les résultats attendus devraient révéler des variations dans les niveaux de contamination en fonction du type d’intrant, avec des composts et engrais d’origine animale potentiellement plus contaminés. L’analyse des contaminants présents sur les produits récoltés, l’eau d’irrigation et les intrants permettra d’établir des relations entre la source de contamination, les pratiques culturales et la qualité des produits finaux. Enfin, des recommandations pratiques seront formulées pour réduire ces risques, tout en respectant les principes fondamentaux de l’agriculture biologique.